Les templiers mettent en place ce système qui leur est propre et qui a prouvé son efficacité dans une multitude d'autres sites. Leur mission à Mormant se rapproche beaucoup de celle qui était la leur à la création de l'ordre, en 1120 : la garde des voies et chemins et grandes routes de pèlerinage, « contre les brigands, pour le salut des pèlerins ».
La commanderie était gérée par un précepteur, le frère chapelain assurant quant à lui le service divin dans les chapelles, participant à la réception de nouveaux frères et les guidant spirituellement.
À Mormant, comme dans chaque commanderie, on pouvait trouver une chapelle, un logis avec cuisine et réfectoire, un dortoir, une salle du chapitre et des communs, avec plus spécifiquement ici l'hôpital hôtellerie.
En octobre 1307, sur ordre du roi Philippe IV le Bel, les Templiers sont arrêtes et leur procès commencera deux ans plus tard. Un des précepteurs de Mormant, Laurent de Beaune, sera ainsi jugé et subira le supplice du feu aux côtés du grand maître de l'ordre, Jacques de Molay, le 18 mars 1314.
Entre temps, le 2 mai 1312, au regard de la bulle Ad Providam, le pape Clément V ordonne le transfert des biens et terres de l'ordre du Temple à l'ordre des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem. Mormant redevient une possession des hospitaliers.
Certains auteurs attribuent la possession de Mormant aux Templiers dès la mise en place de la Milice des Pauvres Chevaliers du Christ, en 1120. Lors du commencement de son procès, Jean de Chateauvillain déclare effectivement avoir été reçu en la maison de Mormant – Domus templi de Mormentum per fratum de Belna, la maison templière de Mormant par frère de Beaune. Cette déclaration mentionne cependant des évènements tardifs dans le temps car les actes de l'abbaye ne mentionnent nul part, entre 1120 et 1135 les termes templi, fratibus, milicie templi, couramment usités chez les templiers.
D'autre part, le témoignage d'un des frères Templiers reçu en cette maison en 1304, interrogé lors d'un procès en 1311, indique à propos de Mormant que les templiers venaient de l'acquérir de novo acquisita lors de son passage.